无菌制造业中的良好操作规范（GMP）指导在2003年时做了修订，以调和来自各种各样洁净室标准的不同，建立一个统一的洁净室标准ISO 14644-1。ISO 14644-1标准介绍如下：
良好操作规范（GMP）的EC Guide中的附件1为无菌医药产品的GMP应用原则和指南提供了指导。它包括为洁净室的环境清洁程度标准给出建议。该指导根据国际标准EN/ISO 14644-1进行评审，并根据利益平衡修订，但也特别考虑到了无菌医药产品生产的独特性。
总的来说，验证一个洁净室的方法需要遵守ISO 14644-1的导则和形式；这个欧盟委员会的附件包括应用于无菌医药产品的ISO修订标准。为了支持这项工作，定义了一份洁净室认证数据与ISO 14644-1粗略转换对应表。
为明确起见，一系列注意点被附在表中。然而不幸的是，首先，“注意事项 a”就产生了一些歧义。
这一歧义在2008年的时候做了修订，发布在EU GMP Annex 1中，明确的列出了需要执行的三个阶段：
1. 验证：每个洁净室和空气洁 净设备都应该首先分类。
2. 监控：洁净室应该处于监控状态，需要确认与产品质量相关的生产条件是否一直维持在应有水平。
3. 数据分析：在监控中产生的数据，必须根据对最终产品质量可能产生的风险进行分析。
验证
要进行必要的认证，如何理解ISO 14644-1，怎样依照标准来认证洁净室，按照规定的采样点数、采样位置，以及每个采样点的样本量来验证洁净室，都是非常重要的。洁净室数据的统计分析规则也都必须遵循标准。然而，与其使用ISO 14644-1中指定的表格进行分类，技术员应该使用这种表格，它印在修订的指导性文件中。
其他的期望值同样也由GMP定义，例如，A级洁净程度的样本量是指，每个样本位置取1m3，由于采样管中有5.0μm的高沉淀粒子，应该使用最小长度的采样管。理想情况下，是不需要使用任何采样管的。同时，洁净室的重新认证也应该遵守ISO 14644-1所给出的指导，即，每年一次的ISO 6级或是更高，每六个月一次的ISO 5级或更高；如果安装了监控系统，在ISO 5级的扩展区域可以作适当的让步。认证的恰当时间应该是中度负载或模拟全额负载运行时进行。
表1 每立方米的最大粒子数等于或大于列表中的数值。
图：某上海无尘车间
监控
在洁净室或空气洁净设备认证完毕以后，洁净室必须加以监控，相对风险而言，证明无菌制造环境能够被保持并且一直在保持。
A级区域对于最终产品来说，是潜在风险最大的环境，包括设备在内，在整个生产周期中都应该监控起来。监控频率应该确保任何干扰措施、短期事件、或是常规条件恶化都能被测量出来，并且在超出警报/动作限制的时候能够触发警报。所有的这些事件都必须排除由于进行连续采样而在这些区域采用多联取样影响。如果经过充分验证，采用的多联取样适合相关制造类型，那么在采用多支管的情况下，可以做出一些让步。
B等级区域遵守的规则和A等级区域的规则一样。但是，采样频率可以降低。A等级靠单向气流维持，因此，除了灾难，突发事件应该局部化并且持续时间非常短。然而，B等级是紊乱的混合气流，是操作员所处的普通环境。这个区域中，粒子持续低水平活跃是正常的；只有在该区域的常规控制超出容忍范围时，系统才会响应，发出警报。因此，突发性污染对产品质量产生重大影响的可能性很小。
2003年的GMP，由于措词使用的问题，监控A等级区域和B等级区域的采用要求出现了混淆。1m3符合ISO 14644-1的计算要求，但却并不基于风险监控值。不过，修订后的指导有了明显的改善：
使用自动化系统得到的监控样本大小通常是系统使用的取样率的函数。样本量没有必要和洁净室或洁净空气设备的正式分类一样。
因此，使用28.3 L/min 粒子计数器的系统就可以理想地持续采样，从启动到整个罐装阶段并略微延长，每分钟采样一次，将数据标准化为多少粒/m3，并在标准化的数值上设置适当的报警和告警阈值。监控的关键在于能够对事件做出及时响应，显示出该区域不再处于环境控制中。
数据分析
洁净室中非可存活粒子和可存活微生物粒子之间存在着一定的联系（见USP Chapter <1116>，“洁净室及其他受控环境的微生物评估”）。也有研究指出洁净室中自由悬浮的可存活微粒的大小。当将这两个独立的研究结合在一起，如果工作人员能够控制洁净室中的大粒子，就可以控制洁净室中生物污染风险。照常来说，由于统计的数值非常小（<1粒子或<1CFU），这很难得出结论。但是，当分析洁净室内部的环境数据时，5.0μm大小的粒子就显得特别重要。
偶尔产生高计数的原因可能是由于电子粒子计数器的干扰，尽管一些粒子计数器具有一些元件，能够减少这样的干扰影响，并降低洁净室中随机粒子的影响。鉴于一个事实，即，在统计分析中，随机事件不能用小数值来解释，并且与一般的生产活动没有什么相关性，当做洁净室性能的长期分析时，这些是可以放在最后阶段来分析的。比较关键的是，连续或是规律的低级别粒子计数，这些可能会给出一定的线索，指向需要调查的可能存在的污染。
图1 洁净室日常变化趋势。
图1显示无菌室-无尘室-无尘车间
● 连续：如果在洁净室中持续出现等级为5.0-μm的粒子，应该采取一些调查工作，因为大的粒子不能穿透过滤器。因此，污染可能发生环境内部的某个点上。
● 频繁：当频繁产生大的粒子
而非随机时，应该确定这些粒子的来源，可能在哪里存在，并做出调整。粒子的影响与最终产品的测试相联系，定义出什么等级的粒子是有害的。
● 随机：当粒子几乎不可能或根本没有产生的可能时，应该确定频率N/M，例如，在任意12分钟内或是类似的情况下，不多于3个粒子。另外，应该与最终产品测试相关联，确认常规监控的数据。
报警和警报设置点的定义，在目前的GMP导则中同样有分析：
对于粒子和微生物的监控结果，应该设置适当的报警和动作阈值。如果超出了这些阈值，就需要指明纠正措施。
适当的报警阈值，是根据与产品质量相关的、需要保持的控制环境来确定的。因此，单独采用验证数据得出来的阈值并不一定就是稳妥的。更恰当的说，阈值可以更好地反映出每个特殊设备、罐装线或是类似设施设的生产环境。
这个指南是为使用现场粒子计数器的A等级和紧邻B等级区域中的连续粒子监控所服务的。这是因为，最终产品的污染风险是很高的，并且与最大的风险因素——操作员，是紧密相连的。不仅仅是操作员构成了产品的最大风险，同样的随机产生的粒子也是最大的风险。这些不全是惰性粒子；有一些是可存活的，这就对最终产品构成了更大的风险。由于我们不能控制风险，我们就必须测量它。如果它在可以接受的阈值之外，系统则必须给用户发出警报。设备监控系统如何为用户实现快速报警，取决于风险（见“A等级区域推荐系统设置”）。
风险分析可以看作是如何使罐装操作具有复原力，在有潜在污染事件的同时，仍然能够保护产品。如果系统十分稳健（绝缘、限制进入屏蔽系统），那么，出现事件会有一个相对较低的污染风险。如果安瓿线具有幕帘保护，那么微小的偏差就可能带来很大的影响。没有一个适合所有应用的答案，因为，所有的风险都是一个变数。一些考虑因素，诸如应该穿什么、因该提供什么样的内衣、每小时的空气变换、房间中的员工数目等等，都是至关重要的。
冻干产品
对于无菌罐装需要进行冷冻干燥的产品，从塞子的插入点到冰冻干燥机都应该维持A等级环境。如果这是在一个移动推车中实现的，那么这个移动的环境也必须维持A等级环境。当塞子没有完全插入，小瓶就被认为是打开的，任何无菌瓶子的打开环境必须维持在一个可控制的环境下。
一旦冷冻干燥完成后，塞子塞入瓶中或是用机械压力保证封闭，塞子要通过一定的验证方案保证完全密封，小瓶应该保持处于A等级的空气中，直到盖帽盖在适当的位置并紧固。重新回顾验证过程中的表格：A等级A环境是一个ISO 5级的环境。因此，从粒子观点来看，压接处理过程中提供的空气质量应当是ISO 5级品质。如果盖帽行为在无菌处理中执行，那么必须是A等级环境。
A等级区域推荐监控/警报系统设置
第一步：将设备监控系统的所有值设为m3
第二步：设置0.5μm报警通道（1=警告, 3=报警）到1625和3250 n/m3。（这些值是临时值，直到从工艺中发现真实值。）
第三步：设置1级报警（警告0.5μm）反应频率为2:2事件。因此，两个连续事件将触发一个警告= 橙色灯。
第四步：设置3级报警（0.5 μm报警）反应频率3:3事件。因此三个连续事件触发一个报警 = 红灯。
第五步：设置5.0-μm报警通道（0 =警告，2 = 报警）到71和35n/m3。（这些是一样的，但是我们将用不同的频率来确定风险。）
第六步：设置0级报警（ale警告5.0μm）反应频率2:2事件。因此两个连续事件触发一个警告 = 橙色灯。
第七步：设置2级报警（5.0μm报警）反应频率3:10事件。因此三个连续事件触发一个报警=红灯。
这个基本原理要求技术员迅速对0.5μm事件做出响应，但是对于扰动不报警——在面临非常小的威胁的时候，非常短暂的事件可能会超出报警阈值。这也允许技术员将5.0μm报警当作一个基于事件而不是基于粒子数的方法看待。ISO 14644-1给出了一个实证，即，5.0μm水平上升，相应的0.5μm的改变就将会发生[(0.1/D)^2.08]。因此，如果它对于环境是重要的，那么技术员会知道，因为这同样也会触发0.5μm通道。如果它对微生物是重要的，那么将会触发5.0μm通道。
使用这个方法三到六个月以后，技术员应该回顾最终产品的质量记录、可存活粒子采样记录、报警事件数量，并应用指导方针，让系统对这些发现进行处理。
应该指出的是，1m3值是仅仅利用一个便携式粒子计数器来达到验证目的的。这种计数器是为常规测试而特别设计的。
注意：系统常常会为这个指导方针提供一个基础，如从Particle Measuring Systems中得到的Airnet、IsoAir PLUS、Lasair II、以及LasairIII。